不屬于，兩者有諸多區別。

——概念不同。《自然保護區條例》所稱的自然保護區，是指對有代表性的自然生態系統、珍稀瀕危野生動植物物種的天然集中分布區，有特殊意義的自然遺跡等保護對象所在的陸地、陸地水體或者海域，依法劃出一定面積予以特殊保護和管理的區域；根據《水產種質資源保護區管理暫行辦法》第二條，水產種質資源保護區，是指為保護水產種質資源及其生存環境，在具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁育區域，依法劃定并予以特殊保護和管理的水域、灘涂及其毗鄰的島礁、陸域。

——設立程序、批準主體不同。國家級自然保護區的建立，由自然保護區所在的省、自治區、直轄市人民政府或者國務院有關自然保護區行政主管部門提出申請，經國家級自然保護區評審委員會評審后，由國務院環境保護行政主管部門進行協調并提出審批建議，報國務院批準；而符合條件的水產種質資源保護區，可以由省級人民政府漁業行政主管部門向農業部申報國家級水產種質資源保護區，經國家級水產種質資源保護區評審委員會評審后，由農業部批準設立，并公布水產種質資源保護區的名稱、位置、范圍和主要保護對象等內容。

——功能區劃不同。自然保護區內部分為核心區、緩沖區和實驗區，部分保護區還可能劃定外圍保護地帶；水產種質資源保護區一般劃分為核心區和實驗區。